Det finns en naturlig öppning mellan Mar Menor och Medelhavet, den ligger just där hotellstaden La Manga abrupt slutar. På andra sidan öppningen eller fågeldeltat, ligger ett naturreservat. När man är ute på sanddynerna i naturreservatet och går längs stranden kan man ana hur La Manga såg ut innan all bebyggelse, det måste ha varit en fantastiskt vacker plats.
I detta naturliga vattendrag, med en rad smala öppningar – golas – har man sedan medeltiden fiskat genom att bygga labyrinter med hjälp av pålar, så kallade encañizadas. Fiskemetoden går till så att fiskarna förvillar sig in i labyrinterna och fångas. Fortfarande fiskas det enligt denna traditionella metod.
Under slutet av 1800-talet byggdes en helt artificiell kanal. Den döptes till Gola de la Encañizada de Marchamalo och öppnades 1878 i syfte att bedriva samma slags encañizada-fiske som i de naturliga vattendragen norr om La Manga. Gola de la Encañizada de Marchamalo är inte längre en fiskekanal (labyrintpålarna togs för längesedan bort) men den är mycket grund, bara omkring 1,5 meter.
Dessutom finns Canal Estacio som från början var en naturlig öppning mellan lagunen och Medelhavet men som byggdes ut på 1970-talet för att fritidsbåtar skulle kunna passera. På sitt djupaste ställe mäter den 4 meter och den är 39 meter som bredast.
Det är måtten på Estacio jämfört med den byggda kanalen Marchamalo och den naturliga öppningen som gör förändringen i salthalter så påtaglig.
Salthalten påverkar floran och faunan i vattnet. Vattnet med olika salthalter skiktar sig också. Dessutom kommer nya invasiva arter in i lagunen, där de etablerar sig och slår ut Mar Menors fisk och skaldjursbestånd. Ett exempel på det är blåkrabban, Callinectes sapidus, som visserligen lär vara en delikatess, men vars bestånd ökar. Den trivs också i vatten med lägre salthalt.